In Münster hat es immer verschiedene geistliche und weltliche Gerichte gegeben. Als das Münsterland nach den napoleonischen Kriegen endgültig preußisch geworden war und die Gerichtsbarkeit neu geordnet wurde, wurde als Gericht erster Instanz 1815 das Land- und Stadtgericht Münster gebildet, das in einer ehemaligen Domherrenkurie an der Ecke Domplatz /Pferdegasse untergebracht war. Heute steht dort das Westfälische Landesmuseum für Kunst und Kulturgeschichte.
Von 1849-1879 hieß das Gericht erster Instanz Kreisgericht; der Gerichtsbezirk umfasste im Wesentlichen – wie schon der des Land- und Stadtgerichtes – den Bezirk des Stadt- und Landkreises Münster. Das Kreisgericht war in einem ehemaligen Adelshof zwischen Ludgeristraße und Stubengasse untergebracht.
Seit Inkrafttreten der noch heute gültigen Gerichtsorganisation durch die Reichsjustizgesetze am 1.10.1879 besteht das Amtsgericht Münster (zunächst als „Königlich Preußisches Amtsgericht“) in seiner heutigen Form, wie die meisten Amtsgerichte in Nordrhein-Westfalen. Der Gerichtsbezirk änderte sich nicht.
Das Amtsgericht bezog 1879 mit dem neu gebildeten Landgericht und der Staatsanwaltschaft das für das Landgericht errichtete Gebäude am Neuplatz (heute Schlossplatz, vormals Hindenburgplatz) an der Gerichtsstraße (heute Gebäude B des Amtsgerichts). Am Amtsgericht Münster waren damals 6 Richter tätig. Im Laufe der Jahre wurden für Teile des sich vergrößernden Amtsgerichts Gebäude in der Nähe des Landgerichts angemietet (1907 Gerichtsstr. 1, 1911 Badestr. 15, 1926 Georgskommende 33, 1935 Gerichtsstr. 4). Bei Kriegsende 1945 waren das Landgerichtsgebäude und alle für das Amtsgericht angemieteten Gebäude zerstört.
Nach der Neueröffnung der Gerichtsbarkeit im Sommer 1945 waren Landgericht, Amtsgericht und Staatsanwaltschaft im ehemaligen Divisions-Stabsquartier in den Kasernen an der Roxeler Straße (heute Albert-Schweitzer-Straße) untergebracht. 1950 waren am Amtsgericht Münster 17 Richter tätig. Das Landgericht konnte in sein früheres Gebäude nach dessen Wiederaufbau bereits im Oktober 1951 wieder einziehen.
Im Dezember 1957 bezogen Amtsgericht und Staatsanwaltschaft das am Hindenburgplatz neben dem alten Landgericht neu errichtete Justizgebäude Gerichtsstraße 6 (heute Gebäude C des Amtsgerichts und Gebäude der Staatsanwaltschaft)
Der Bezirk des Amtsgerichts Münster umfasste nach der kommunalen Neuordnung zum 1.1.1975 nur noch das Gebiet der (vergrößerten) Stadt Münster und das der Stadt Greven. Seit 1976 gehört Greven zum Bezirk des Amtsgerichts Steinfurt.
Das Landgericht wechselte 1987 in das Am Stadtgraben hinter dem alten Gebäude neu gebaute Landgerichtsgebäude. Nach Renovierung des alten Landgerichtsgebäudes zog das Amtsgericht im Mai 1992 mit der Mehrzahl seiner Abteilungen in dieses und den zwischen altem und neuem Landgerichtsgebäude errichteten Zwischentrakt um (heute Gebäude B des Amtsgerichts).
Im Justizgebäude Gerichtsstraße 6 (Gebäude C des Amtsgerichts) behielt das Amtsgericht das Erdgeschoss, die erste Etage und einen Teil der 2. Etage. In diesem Gebäude C sind die Verwaltungsabteilung, die Zahlstelle, das Grundbuchamt, die Nachlassabteilung und die Registerabteilung untergebracht. Im Erdgeschoss liegen die Sitzungssäle des Schöffengerichts.
Zur Zeit sind am Amtsgericht Münster 35 Richterinnen und Richter, 36 Rechtspflegerinnen und Rechtspfleger und etwa 140 weitere Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter beschäftigt. Das Amtsgericht bildet ständig Justizfachangestellte aus.